داستان این انیمیشن درباره‌ی پسر جوانی به نام کوکو است که توسط پوکمون بزرگ می شود که پیوند جدیدی بین انسان ها و پوکمون ها ایجاد می کند و ....

هنگامی که یک آزمایش علمی، منجر به پدید آمدن نسخه شبیه‌سازی شده‌ میوتو می‌شود، او در صدد نابود کردن دنیا برمی‌آید. از سوی دیگر، اش و دوستانش تصمیم می‌گیرند که نقشه‌های شرورانه میوتو را نقش بر آب کنند و...

این انیمیشن که بر روی کارکترهای زیادی تمرکز میکند داستان مردمان شهر «فورا» را به تصویرمیکشد. شهروندان این شهر هر ساله جشنواره باد را جشن میگیرند از زمان‌های بسیار دور که یک پوکیمون افسانه‌ای به آنجا آمده بود و باد را به آنها بخشیده بود...